Tsirkooni sisaldavat looduslikku silikaati ZrSiO4 nimetatakse looduses laialdaselt levinud tsirkooniks (Tsirkoon) või hüatsindiks (hüatsindiks), millel on mitmesuguseid ilusaid värve oranžist punaseni, iidsetest aegadest on peetud seda vääriskiviks, räägitakse, et sõna tsirkoon tuleb araabiakeelsest sõnast Zarqūn, mis on kinaver, ja väidetavalt pärineb see ka pärsia sõnast Zargun, mis on kuld, ja hüatsint tuleb kreekakeelsest sõnast "liilia" ning India ookeanis asuv saareriik Sri Lanka on rikas tsirkooniga. Tsirkooniumi ühe vormina tsirkooniumi sisaldavad vääriskivid on tuntud juba iidsetest aegadest.
1789. aastal avastas sakslane MHKlaproth, et tsirkooni uurides oli see naatriumhüdroksiidiga eutektiline, jahutusvedelik lahustati vesinikkloriidhappega, lahusele lisati kaaliumkarbonaati, sade filtriti ja puhastati ning seejärel sete kaas- keedeti väävelhappega ja seejärel filtreeriti ränioksiid välja ning kaltsium, magneesium, alumiiniumoksiid, mida ei leitud, sadenes pärast kaaliumkarbonaadi lisamist lahusele, see sade ei lahustunud leelis nagu alumiiniumoksiid , samuti ei interakteerunud see happega nagu magneesiumoksiid, Klaproth uskus, et see sade erineb varem tuntud oksiididest ja koosnes Zirkonerdest (tsirkoonium, saksa keeles) ning peagi kinnitasid prantsuse keemik de Both Morueau ja Vauquelin MH õigsust. Klaprothi analüüsi kohaselt on elemendi ladinakeelne nimetus Tsirkoonium ja tähis on Zr, mis tõlgitakse hiina keeles tsirkooniumiks.
1808. aastal kasutas Suurbritannia H.Davy tsirkooniumiühendite lagundamiseks elektrivoolu, kuid edutult, 1824. aastal kasutas rootslane JJ Berzelius esimest korda K2ZrF6 redutseerimiseks kaaliumit metallitsirkooniumi tootmiseks, kuid see polnud piisavalt puhas, reaktsioonivalem oli: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, reaktsioonis saab kasutada ka Naatooni redutseeriva ainena, kuni 1914. aastani kaks teadlast Lely ja Ham Hollandi metallvalge kuumlampide tootmistehases Brugeris. kasutas veevaba tsirkooniumtetrakloriidi ja liigset naatriummetalli tühjaks palliks, kuumutati elektrivooluga 500 kraadini ja saadi puhas metallist tsirkoonium.
Täiesti puhast tsirkooniumi tootsid alles 1925. aastal Hollandi keemikud Anton Eduard van Arkel ja Jan Hendrik de Boer tsirkooniumtetrajodiidi (ZrI4) lagundamisel. Tsirkooniumi toodetakse suurtes kogustes tsirkooniumtetrakloriidi kuumutamisel magneesiumiga.